BAŞKENT ÜNİVERSİTESİ
Mühendislik Fakültesi
Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

 

Projeler

İvmeölçer Sinyallerinin Dizilimsel Analizi İle Fiziksel Aktivite Tespiti Ve Parkinson Hastalarının Uzaktan Takibi İçin Uygulanması

Projede, ivmeölçer (accelerometer) algılayıcısından elde edilen verinin analizi ile fiziksel aktivite tespiti için daha etkin algoritmaların geliştirilmesi ve bu algoritmaların Parkinson hastalarının giyilebilir algılayıcılar yardımıyla uzaktan izlenmesi için uygulamalarının gerçekleştirilmesi amaçlanmaktadır. Parkinson için altın standart olarak görülen UPDRS uyumlu semptom şiddeti analizi yapılması hedeflenmektedir. Taşınabilir algılayıcı bağlanan bir grup hastanın tremor, dyskinsesia, bradyknesia ve yürüyüş anormalliği semptomlarının derecelendirmesi, tedavi sonrası “ON/OFF" motor fonksiyonlarının izlenmesi ve mobilite davranış analizlerinin (ne sıklıkta ve ne hızda yürüyor, ne kadar uyuyor vb.) yapılması, algoritmaların bu bağlamda etkinliklerinin raporlanması ve iyileştirilmesi sağlanacaktır. Proje, giderek yaşlanan Avrupa nüfusuna bağlı olarak artan Parkinson hastalarının bağımsız ve daha kaliteli yaşamalarını sağlayacak çözümler üretecektir.

Tarihler: Eylül 2015 - Ağustos 2017

Destekleyen Fon: TÜBİTAK 1001 (115E451)

Katılımcılar:
Dr.Hasan Oğul (Yürütücü), Başkent Üniv. Bilgisayar Mühendisliği
Dr.Münire Kılınç, Başkent Üniv. Nöroloji
Dr.Hamit Erdem, Başkent Üniv. Elektronik Mühendisliği

 


Gen İfade Veritabanlarında İçerik-Tabanlı Arama: Bağlama-özgü İmzalar

Mikrodizi ve benzeri deneyler sonucunda elde edilen gen ifade verileri genomik süreçlerin aydınlatılmasında yıllardır yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu tür deneylerin sonuçları GEO (Gene Expression Omnibus) ve ArrayExpress gibi merkezi veri tabanlarında toplanmış ve bu veri tabanlarının boyutlarının çok yüksek seviyelere ulaştığı gözlenmiştir. Veri tabanlarına daha önce yüklenmiş bir deneyi aramak için kullanıcılar genellikle deneyle ilgili organizma, yazar adı, deney açıklaması gibi metinsel üst-veri (meta-data) bilgilerini kullanmaktadırlar. Bu projedeki nihai hedef; daha önceki arama yöntemlerinden farklı olarak kullanıcının kendi yükleyeceği deney sonucuna içerik olarak benzer deneyleri getirecek bir uygulamanın hayata geçirilmesidir. Böylelikle benzer sonuçları elde etmiş deneylerden üretilen hipotezlerden faydalanabilme imkanı olacaktır. Hastalık teşhisi ve tedavisinde daha önce dünyanın farklı yerlerinde alınmış sonuçlar doğrudan kullanılabilecektir.

Tarihler: Nisan 2014 - Nisan 2016

Destekleyen Fon: TÜBİTAK 1001 (113E527)

Katılımcılar:
Hasan Oğul (Yürütücü), Başkent Üniv. Bilgisayar Mühendisliği
Prof Dr.Feride İ.Şahin, Başkent Üniv.Tıbbi Genetik
Yrd.Doç.Dr.Yunus K.Terzi, Başkent Üniv.Tıbbi Genetik

 


X-Ray Tabanlı Bilgisayarlı Tanı Sisteminin İyileştirilmesi ve Bir Prognoz Asistanına Dönüştürülmesi

Akciğer grafilerinin otomatik olarak analiz edilerek, kemik dokularının baskılanmasını ve böylece nodüllerin daha etkin tespitini sağlayacak yöntem ve yazılımlar geliştirilmiştir. Ayrıca, aynı hastanın faklı zamanlarda çekilmiş grafilerinin yine otomatik analizi ile nodul gelişiminin tespit edilmesi ve böylece sistemin bir prognoz asistanına dönüştürülmesi sağlanmıştır. İnsan sağlığı açısından oldukça önemli bir problem ele alınmış, akciğer kanseri gibi yaygın ve tehlikeli bir hastalığın erken teşhisini ve izlenmesini kolaylaştıracak sistemler geliştirilmiştir. Sonuçlar hem bilimsel bulgular açısından, hem de üniversite-sanayi işbirliği açısından başarılı olmuştur.

 

Tarihler: Mart 2014 - Eylül 2015

Destekleyen Fon: SAN-TEZ (379.STZ.2013-2)

Katılımcılar:
Dr.Hasan Oğul (Yürütücü), Başkent Üniv. Bilgisayar Mühendisliği
Prof.Dr.Muhteşem Ağıldere, Başkent Üniv. Radyoloji
Yrd.Doç.Dr.Emre Sümer, Başkent Üniv. Bilgisayar Mühendisliği
AKGÜN Yazılım Ltd.Şti.

 


Doküman Kategorizasyonu ve İmza Bölge Analizi

Bankacılıkta sıkça kullanılan dökümanların, banka şubelerinde tarandıktan sonra otomatik olarak sınıflandırılması, sınıflandırılan belgeler üzerinde ıslak imzanın yine tam otomatik olarak bulup kesilmesini ve kesilen imzanın ilgili veri tabanı bölümlerinde saklanmasını sağlayacak uygulamalar üzerinde çalışılmıştır. Bankacılık işlemlerinde insan etkileşimi en aza indirgeyecek ve hata olasılıklarını azaltacak çözümler ortaya çıkmıştır. Proje, bölümümüzde üniversite-sanayi işbirliğinin kurumsallaşması açısından önemli bir adım olmuştur.

Tarihler: Mart 2013 - Nisan 2014

Destekleyen Fon: SAN-TEZ (01522.STZ.2012-2)

Katılımcılar:
Dr.Hasan Oğul (Yürütücü), Başkent Üniv. Bilgisayar Mühendisliği
DAS A.Ş.

 

 

 


Dizilim ve Gen İfade Verilerinin Bütünleştirilmesiyle mikroRNA Modül Ağlarının Keşfi

Yakın zamanda keşfedilen mikroRNAların içinde bulunduğu düzenleyici süreçlerin daha iyi anlaşılmasını sağlamak üzere farklı kaynaklardan gelen verilerin bütünleştirmesine dayalı olasılıksal yöntemlerinin geliştirilmesi üzerine çalışılmıştır. Geliştirilen yöntemlerin, miRNA hedef genlerinin bağlanma yerleriyle birlikte tahmini, birlikte ifade edilen miRNA ve genlerin tespiti, yerel düzenleyici ağların tespiti ve kanser gibi hastalıkların oluşumunda etkili olan miRNAlar ve bunların etkilediği gen gruplarının bulunması gibi işlemsel biyolojide pek çok problemin çözümüne katkı sağlaması hedeflenmiştir. Projenin çıktısı olan yöntemler ve görsel web araçları, birçok hücresel döngü ve mekanizmanın belirlenmesine yardımcı olarak, kanser araştırmaları ve biyotik ve abiyotik stres gibi hayvancılık ve tarımda verim kayıplarına neden olan sorunlara yönelik yeni stratejilerin geliştirilmesinde de fayda sağlayabilecektir.

Tarihler: Nisan 2011 - Nisan 2013

Destekleyen Fon: TÜBİTAK 1001 (110E160)

Katılımcılar:
Dr.Hasan Oğul (Yürütücü), Başkent Üniv. Bilgisayar Mühendisliği
Prof.Dr.Mahinur Akkaya, ODTÜ, Biyokimya